A Szövetség legfontosabb szervei a Küldöttgyűlés, az Elnökség, a területi alapon szerveződő Közgyűlések, valamint a Felügyelő Bizottság. A Közgyűlések a NIT területi alapon szerveződő döntéshozó szervei, amelynek szavazati jogú tagjai az adott területi egységben (megyék és a főváros) működő tagszervezetek. Küldöttgyűlés: a NIT legfőbb döntéshozó szerve, amely évente legalább két alkalommal ül össze, dönt a szervezet legfontosabb kérdéseiről, így például a gazdálkodásról, személyi kérdésekről, cselekvési tervről, s új tagok felvételéről. A Szövetség hétfős Elnöksége az Elnökből, két Alelnökből, valamint négy elnökségi tagból áll. Mandátumukat a Küldöttgyűléstől nyerik el két évre. A NIT Küldöttgyűlése háromtagú Felügyelő Bizottságot választ, amely testület a feladata, hogy a Szövetség ülésein (Közgyűlés, Elnökségi ülés) részt vegyen és felügyelje a jogszabályok és belső szabályzatok betartását. A Felügyelő Bizottság megbízatása három évre szól.